土地确权纠纷一般由以下部门处理：
1. 土地管理部门：土地管理部门负责土地的确权登记等相关工作，对土地确权纠纷有专业的认知和处理权限。他们可以依据土地管理法律法规，对纠纷进行调查、核实和调解。
2. 人民政府：人民政府在土地确权纠纷处理中起着重要的主导作用。对于重大或复杂的土地确权纠纷，人民政府会组织相关部门进行联合调查和处理，依法作出裁决。
3. 农村土地承包仲裁机构：在农村地区，农村土地承包仲裁机构专门处理农村土地承包经营纠纷，包括土地确权纠纷。该机构依据仲裁规则和相关法律法规，对纠纷进行公正、公平的仲裁。
不同类型的土地确权纠纷可能由不同的部门根据具体情况进行处理，当事人可以根据纠纷的性质和涉及的范围，选择合适的处理部门。
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文章来源参考：头条-土地确权纠纷处理程序，土地确权纠纷由谁处理决定内容审核：王一帆律师
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