如果农村土地确权证被占用，可采取以下措施。
1. 先与占用方进行沟通协商，了解其占用的原因和意图，要求其停止占用行为并恢复原状。保留好与对方沟通的相关证据，如录音、短信、邮件等。
2. 若协商无果，可向村集体组织反映情况，请求村集体出面协调解决。村集体有责任对土地使用进行管理和监督。
3. 如村集体未能有效解决问题，可向乡镇人民政府土地管理部门投诉。土地管理部门会对占用行为进行调查核实，依据相关法律法规作出处理决定，要求占用方纠正违法行为，恢复土地原状。
4. 如果涉及到较为复杂的法律纠纷或损害赔偿问题，还可以通过法律诉讼途径来维护自身的合法权益。在诉讼过程中，要提供充分的证据证明土地确权证的归属以及对方的侵权行为。
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文章来源参考：头条-农村土地确权证是怎么回事?，农村土地确权后别人占了怎么办内容审核：塔娜律师
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