被征收农田上有房屋时，通常需要根据具体情况进行处理。
1. 合法房屋：如果房屋是合法建造且有相关产权证明，在征收过程中，房屋所有者应与征收部门就房屋的补偿问题进行协商，包括房屋的价值评估、搬迁费用、临时安置费用等。征收部门会按照相关法律法规和政策规定，给予合理的补偿。
2. 违法建筑：对于违法建筑，一般不予补偿。违法建筑是指未经法定审批程序建造的房屋，如在耕地上擅自建设的房屋。征收部门会依法责令房屋所有者在规定时间内自行拆除违法建筑，逾期不拆除的，将依法强制拆除。
3. 历史遗留问题房屋：对于一些历史遗留问题的房屋，如因历史原因导致房屋手续不全等情况，需要根据具体情况进行个案处理。可能需要相关部门进行调查核实，依据法律法规和政策的精神，综合考虑各种因素，给予适当的补偿或解决方案。在处理过程中，房屋所有者应积极配合征收部门的工作，提供相关证据和材料，以维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-，田地被征收了会安置房子嘛内容审核：李银磊律师
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