土地确权证的发放部门根据土地性质有所不同。
对于农村集体土地承包经营权的确权证，一般由县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门负责。具体而言，农业农村部门负责耕地等农用地承包经营权的确权登记颁证工作，对土地承包经营的情况进行调查、审核等一系列程序后，经县级以上地方人民政府批准，最终由农业农村部门发放土地承包经营权证。
而对于农村宅基地及房屋的确权证，通常由不动产登记机构负责发放。相关部门对宅基地的权属、面积、房屋建设等情况进行核实后，符合规定的，由不动产登记机构依法进行登记，并核发不动产权证书。
国有土地使用权的确权登记发证，同样由不动产登记机构负责办理。依据相关规定和程序，对国有土地使用者的权益进行确认并发放证书，以此保障土地权益人的合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权证归哪个部门管?，土地确权证在哪个部门发放内容审核：李垚垚律师
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