土地纠纷不能确权土地时，可按以下方法处理：
第一，协商解决。当事人双方应直接沟通，依据相关事实和法律法规，提出双方都能接受的解决方案。协商解决灵活且成本低，能避免矛盾进一步激化。
第二，寻求调解。若协商无果，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些组织具有一定权威性和调解经验，能从公平、公正角度出发，帮助双方化解矛盾。
第三，申请仲裁。若调解不成，可根据双方达成的仲裁协议，向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性和高效性，能快速解决纠纷。
第四，提起诉讼。当事人不愿协商、调解或协商、调解不成，又未达成仲裁协议的，可直接向人民法院起诉。法院会依据事实和法律作出公正判决。
在处理过程中，当事人要收集好相关证据，如土地权属证明、土地使用合同等，以保障自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权不合理找哪个部门，土地存在争议无法确权怎么办内容审核：徐菲律师
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