土地确权纠纷案由多样，主要可归纳为以下几类：
1.土地所有权纠纷：此类纠纷多发生在不同集体组织之间，比如村与村、组与组之间对土地所有权归属存在争议。可能是由于历史上土地划分不清、政策变动等原因，导致双方都认为某块土地应归自己所有。
2.土地使用权纠纷：这是较为常见的纠纷类型。一方面，在农村可能存在村民之间对宅基地使用权的争议，例如宅基地边界不明确、面积超出规定等问题；另一方面，农村承包地的使用权纠纷也时有发生，像土地流转过程中出现的合同问题，导致原承包方和受让方对土地使用权益产生分歧。
3.土地他项权利纠纷：主要涉及土地的抵押权、地役权等。比如在设立土地抵押权时，可能因抵押手续不完善、抵押物范围界定不清晰等，引发抵押权人和抵押人之间的纠纷。地役权纠纷则可能是供役地人和需役地人对权利义务的履行产生矛盾。
4.土地征收补偿纠纷：在土地被征收过程中，补偿费用的分配容易引发纠纷。可能是集体组织内部对土地补偿费、安置补助费等的分配方案存在分歧，也可能是被征收人与征收方就补偿标准、金额等未能达成一致。
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文章来源参考：头条-土地确权证纠纷，土地确权纠纷适用什么法律内容审核：张春涛律师
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