处理农田建房土地纠纷，可按以下步骤进行：
1. 协商解决：纠纷双方自行沟通，在平等、自愿的基础上，就争议问题达成一致解决方案。这是最便捷、成本最低的解决方式，能避免矛盾进一步激化。
2. 调解解决：若协商不成，可请求村民委员会、乡镇人民政府等调解。这些调解机构具有一定的权威性和中立性，能依据相关法律法规和实际情况，提出合理的调解方案，促使双方达成和解。
3. 仲裁解决：当事人若不愿协商、调解，或协商、调解不成，可根据土地承包经营纠纷仲裁规则向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性和高效性，其裁决具有法律效力。
4. 诉讼解决：当事人对仲裁结果不服，或不愿进行仲裁，可直接向人民法院提起诉讼。由法院依据事实和法律作出判决。
需注意，农田一般属于农用地，未经合法审批，不得用于建房。若建房违反了土地管理法规，即使通过上述方式解决了纠纷，违法建房也可能面临拆除等处罚。
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文章来源参考：头条-农村盖房占地纠纷，农田建房如何处理内容审核：李佳琦律师
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