土地确权有纠纷时，可按以下步骤处理：
第一，协商解决。纠纷当事人应自行商量，在尊重历史与现实情况，且遵守相关法律法规、政策的基础上，直接就争议问题进行沟通，达成一致解决方案。
第二，调解解决。若协商不成，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些调解机构凭借自身的专业知识和经验，依据事实和法律，公正地帮助双方达成调解协议。
第三，行政处理。当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
第四，诉讼解决。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起一定期限内，向人民法院起诉。通过法院的审判来最终确定土地的权属。
在整个过程中，当事人要注意收集和保存好相关证据，如土地承包合同、经营权证、有关部门的处理文件等，以便在处理纠纷时维护自己的合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权有争议应找哪个部门解决，土地确权有纠纷的怎样写材料内容审核：王一帆律师
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