自建房土地纠纷可按以下方式处理：
1.协商解决：纠纷当事人就争议事项直接沟通，依据事实和法律规定，在平等、自愿基础上达成和解协议，自行解决纠纷。此方式成本低、效率高，利于维护双方关系。
2.调解解决：若协商不成，可请求村民委员会、乡镇人民政府等调解。这些调解组织凭借自身威望和经验，依据法律法规和政策，对纠纷进行调解，促成双方达成调解协议。
3.行政处理：个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。当事人可向相关政府部门提出处理申请，政府经调查核实后作出行政处理决定。
4.诉讼解决：若当事人对有关人民政府的处理决定不服，可在接到处理决定通知后，向人民法院起诉。通过诉讼程序，由法院依据事实和法律作出公正判决。
在处理纠纷时，需注意收集和保存相关证据，如土地权属证书、建房审批文件、证人证言等，以维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-农村自建房土地审批流程，自建房 土地内容审核：尹利兵律师
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