土地确权时发生纠纷，可按以下方式处理：
1.协商解决：纠纷当事人应主动进行沟通协商，依据相关法律法规和事实情况，寻求双方都能接受的解决方案。这是解决纠纷的首选方式，能避免矛盾激化，节省时间和成本。
2.调解解决：若协商无果，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些组织具有一定的权威性和调解经验，能站在中立角度，根据实际情况提出合理调解方案，促使双方达成和解。
3.行政处理：当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的，可向县级以上人民政府土地管理部门提出处理申请。政府会依据法律法规和事实证据，作出行政处理决定。
4.诉讼解决：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可在接到处理决定通知之日起一定期限内，向人民法院起诉。通过诉讼，由法院对纠纷进行审理和判决，以司法途径解决争议。
在处理土地确权纠纷过程中，当事人要注意收集和保存相关证据，如土地权属证明、承包合同、证人证言等，以便维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权后还能更改吗，土地确权时的纠纷怎么办解决内容审核：马梨梅律师
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