处理土地确权证纠纷，可按以下方式进行：
第一，协商解决。发生纠纷的当事人双方应自行商量，在尊重历史与现实、相互体谅基础上，就争议问题直接沟通，分清责任，达成一致协议，解决纠纷。
第二，调解解决。若双方协商不成，可寻求第三方调解。可请村民委员会、乡（镇）人民政府等调解，凭借第三方的中立性和专业性，提出解决方案，促使双方达成调解协议。
第三，行政处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起规定期限内，向人民法院起诉。
第四，诉讼解决。当事人可通过向人民法院提起诉讼解决纠纷。需提供相关证据，如土地承包合同、土地使用证明等，以证明自己的主张。法院会依据事实和法律作出公正判决。
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文章来源参考：头条-土地确权有问题向哪里告，土地确权证有纠纷怎么办内容审核：赵晓光律师
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