处理土地确权合同纠纷，可按以下方式进行：
1.协商解决：纠纷双方直接沟通，就争议问题达成一致。这是最便捷的解决方式，能节省时间和成本，还可维持双方的合作关系。
2.调解解决：若协商不成，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些调解机构具备专业知识和经验，能站在中立立场，提出合理解决方案。
3.仲裁解决：纠纷双方根据达成的仲裁协议，将争议提交仲裁机构进行裁决。仲裁具有专业性、保密性、快捷性等特点，裁决结果具有法律效力。
4.诉讼解决：若上述方式均无法解决纠纷，当事人可向人民法院提起诉讼。法院会依据相关法律法规和证据，对案件进行公正判决。诉讼是解决纠纷的最后手段，具有权威性和强制力。
在处理纠纷过程中，当事人要注意收集和保存相关证据，如合同、文件、证人证言等，以维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权纠纷找哪个部门，土地确权纠纷协议书范本内容审核：陈晨律师
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