土地确权证丢失后，补办部门要依据土地性质确定。
如果是农村土地承包经营权证丢失，应去乡（镇）人民政府农村经营管理部门补办。首先，向所在乡（镇）人民政府农村经营管理部门提出补办申请，并说明权证丢失情况等。该部门会对申请进行审核，核实相关信息。之后，将审核通过的申请材料报送县级以上地方人民政府农业行政主管部门，由其负责办理补发手续。
若是宅基地等集体建设用地确权证丢失，需到当地的不动产登记机构补办。申请人要提交申请书、身份证明、土地权属来源证明等材料。不动产登记机构会对材料进行查验，实地查看土地情况，审核通过后，重新核发不动产权证书。
总之，要根据土地性质，前往对应的乡（镇）农村经营管理部门或不动产登记机构补办土地确权证。
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文章来源参考：头条-农村土地红本子丢失如何补办，土地被别人强行霸占怎么办内容审核：塔娜律师
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