通常情况下，房产证是房屋产权归属的法定凭证，证明房屋所有权人对房屋拥有合法权益。而拆迁协议是拆迁方与被拆迁人就房屋拆迁补偿等相关事宜达成的合同约定。
若拆迁协议是双方在平等、自愿、协商一致的基础上签订，内容不违反法律法规的强制性规定，那么即便有房产证，该拆迁协议依然有效。拆迁协议的效力主要看签订主体是否适格、意思表示是否真实、内容是否合法等要素。
不过，在某些特殊情形下，比如拆迁协议存在重大误解、欺诈、胁迫等可撤销事由，或者协议内容违法导致无效，即便有房产证，拆迁协议也可能不具有法律效力。
不能单纯以有房产证来判定拆迁协议是否有效，需综合审查拆迁协议自身的合法性及相关法律规定来确定其效力。
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文章来源参考：头条-有房产证拆迁补偿标准，有了房产证拆迁协议有效吗合法吗内容审核：王杰娉律师
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