若拆迁协议纠纷不影响房屋产权归属的明确性，且满足办理房产证的其他法定条件，通常可以办理。例如，虽协议在补偿金额方面存在争议，但房屋的产权人清晰，相关建设手续完备，符合不动产登记机构的办证要求，这种情况下可以办理房产证。
然而，若纠纷涉及房屋产权的争议，比如多个主体对房屋产权归属存在分歧，或者拆迁协议的合法性存在问题，影响到房屋的合法来源认定，此时不动产登记机构可能不会为其办理房产证。因为办理房产证需确保房屋产权清晰、合法，以保障登记的准确性和公信力。
所以，拆迁协议有纠纷时能否办房产证，要根据具体纠纷内容以及是否满足办证的法定条件来确定。建议当事人先解决拆迁协议纠纷，明确房屋产权等相关问题，再申请办理房产证。
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文章来源参考：头条-拆迁协议可以公证吗，拆迁协议能办房产证吗内容审核：陈丽芳律师
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