在征收过程中，征收部门会对被征收房屋的权属等情况进行调查登记。对于存在纠纷的房屋，征收部门一般会按照正常的征收程序推进，作出征收补偿决定。如果纠纷双方对补偿有争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
若在规定期限内纠纷未解决，征收部门会对被征收房屋进行证据保全，然后按照征收补偿方案作出补偿决定。补偿款会进行提存，以保障纠纷双方的权益。待纠纷解决后，根据生效的法律文书确定补偿款的归属。
因此，房屋存在纠纷不构成阻止征收的法定理由，但征收部门会采取措施保障纠纷各方的合法权益。
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文章来源参考：头条-房屋纠纷被起诉怎么办，有纠纷的房屋会被征收吗怎么办内容审核：赵阳律师
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