农村自建房用于经营，只要有营业执照，拆迁就有可能按照商铺赔偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十三条关于“住改非”房屋补偿问题
所谓“住改非”房屋是指产权性质为住宅，但已依法取得营业执照成为经营性用房。其形成原因十分复杂，有部门之间缺乏协调，管理不到位造成的；也有在经济转型、体制转轨时期，为促进就业，鼓励下岗职工兴办的，多属于历史遗留问题。
“住改非”房屋，既有不合法的方面，又有合理的成分，处理时应当遵循“尊重历史，实事求是”的原则。《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》(国办发明电[2003]42号)规定，“对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。”从各地情况看，对于符合上述规定且经营时间较长的，参照营业用房给予补偿的情况较多。
一、拆迁补偿的方式有哪些
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十一条被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
拆建单位依照规定标准向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的各种补偿金。一般有：
(1)房屋补偿费(房屋重置费)，用于补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算。
(2)周转补偿费，用于补偿被拆迁房屋住户临时居住房或自找临时住处的不便，以临时居住条件划档，按被拆迁房屋住户的人口每月予以补贴。
(3)奖励性补偿费，用于鼓励被拆迁房屋住户积极协助房屋拆迁或主动放弃一些权利如自愿迁往郊区或不要求拆迁单位安置住房，房屋拆迁补偿费的各项标准由当地人民政府根据本地的实际情况和国家有关法律政策加以确定。
由宅基地区位补偿价、被拆迁房屋重置成新价构计算公式为：房屋拆迁补偿价等于宅基地区位补偿价乘宅基地面积，被拆迁房屋重置成新价。
一、农村宅基地征地补偿标准是什么？
1、各项征地补偿费用的具体标准、金额由市、县政府依法批准的征地补偿安置方案规定；
2、土地被征用前3年平均年产值的确定(有关土地补偿费、安置补助费的补偿标准)：按当地统计部门审定的最基层单位统计年报和经物价部门认可的单价为准；
3、按规定支付的土地补偿费、安置补助费尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，可增加安置补助费。《土地管理法》第四十七条规定，征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。
二、房屋拆迁补偿纠纷如何处理？
1、行政裁决
拆迁人与被拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。
2、行政或司法强制
(1)行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由拆迁管理部门提请公安部门强制拆迁。
(2)司法强制：被拆迁人或者房屋承租人在裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。行政强制或司法强制只能选一种。房屋拆迁管理部门提请或申请强制拆迁，必须非常慎重。
法律分析：农村门面房拆迁时，可依据经营情况、经营年限及纳税等实际情况，给予适当补偿，一般可按门面房标准补偿。对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋，应依据现行有关法律法规补办手续。
法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。 房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
农民自建房店面拆迁可以获得赔偿，拆建单位依照规定标准向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的各种补偿金。一般有：
(1)房屋补偿费(房屋重置费)，用于补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算。
(2)周转补偿费，用于补偿被拆迁房屋住户临时居住房或自找临时住处的不便，以临时居住条件划档，按被拆迁房屋住户的人口每月予以补贴。
(3)奖励性补偿费，用于鼓励被拆迁房屋住户积极协助房屋拆迁或主动放弃一些权利如自愿迁往郊区或不要求拆迁单位安置住房，房屋拆迁补偿费的各项标准由当地人民政府根据本地的实际情况和国家有关法律政策加以确定。
由宅基地区位补偿价、被拆迁房屋重置成新价构计算公式为：房屋拆迁补偿价=宅基地区位补偿价×宅基地面积被拆迁房屋重置成新价。
一、房屋拆迁补偿计算标准
(1)房屋拆迁货币补偿=合法拥有房产评估价格房屋装修装饰商定补偿金额(或经评估确定的房屋装修装饰补偿金额)
(2)房屋拆迁补偿差价=合法拥有房产评估价格房屋装修装饰商定补偿金额或经评估确定的房屋装修装饰补偿金额)-被拆迁人获得调换产权的房屋的评估价格
二、房屋拆迁安置费计算标准
(被拆迁人或承租人)房屋拆迁安置费=搬迁补助费没有提供周转房情况下的临时安置补助费超过过渡期限的临时安置补助费非住宅房屋因停产、停业造成的损失赔偿费
注：
1、如果拆迁人提供周转房且拆迁房屋使用人居住，则公式第二项补助费为0；
2、如果拆迁房屋属住宅房屋，则公式第四项赔偿费为0；
3、被拆迁人获得补偿，表明该房屋由其自用。
三、农村房屋拆迁补偿标准
(1)被征地的村或者村民小组建制撤销的，以及建制虽然不撤销，但不具备易地建房条件的，被拆迁人可以选择货币补偿，也可以选择与货币补偿金额问等价值的产权房屋调换。它的具体计算是(被拆6拆除房屋建安重置单价结合成新同区域新建多层商品住房每平方米建筑面积的土地使用权基价价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积；
(2)被征地的村或者村民小组建制不撤销的，具备易地建房条件的，被拆迁人可以在乡(镇)土地利用总体规划确定的中心村或居民点范围内申请宅基地新建住房，并获得相应的货币补偿，计算公式为(被拆除房屋建安重置单价结合成新十价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积；被拆迁人使用新宅基地所需的费用。
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文章来源参考：头条-自建房拆迁能得到商铺吗现在，自建房拆迁能得到商铺吗怎么赔偿内容审核：杨在明律师
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