如果手续合法的话就应该按照营业性质的房产进行补偿，各地的住改商房屋补偿政策采用了不同的模式，就房屋的补偿而言，大多数地方按照住宅房屋与非住宅房屋的加权平均值确定，即高于普通住宅低于正规商铺的补偿。
根据《国有土地房屋征收与补偿条例》第590号令相关法律规定，征收房屋首先，要看土地证、房产证是否载明具体使用性质和用途。其次，若房屋产权证载明商业用途并全部变更住改非等取得完善手续，则可以按照商业用房标准要求补偿并主张营业损失以及装修费固定资产投资等等，参考周边商业房屋市场交易价格。
一、营业房拆迁补偿比普通房屋拆迁补偿多多少？
营业房拆迁补偿比普通房屋拆迁补偿多因为营业所造成的损失的补偿费用，依据国相关法律的规定，房屋拆迁补偿的标准是按被征收房屋类似房地产的市场价格确定的，所以营业房比住宅补偿高多少，要依据拆迁地同类房屋的价值而定。
相关法律规定
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十九条
对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
第二十条
房地产价格评估机构由被征收人协商选定；协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任何单位和个人不得干预。
农村自建房用于经营，只要有营业执照，拆迁就有可能按照商铺赔偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十三条关于“住改非”房屋补偿问题
所谓“住改非”房屋是指产权性质为住宅，但已依法取得营业执照成为经营性用房。其形成原因十分复杂，有部门之间缺乏协调，管理不到位造成的；也有在经济转型、体制转轨时期，为促进就业，鼓励下岗职工兴办的，多属于历史遗留问题。
“住改非”房屋，既有不合法的方面，又有合理的成分，处理时应当遵循“尊重历史，实事求是”的原则。《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》(国办发明电[2003]42号)规定，“对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。”从各地情况看，对于符合上述规定且经营时间较长的，参照营业用房给予补偿的情况较多。
一、拆迁补偿的方式有哪些
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十一条被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
一是搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用。
二是基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。需要看到拆迁协议，才能确定拆迁是否合法，以及能索要哪些赔偿。
三是拆除非住房住宅房屋造成停产停业的，也将得到补偿：拆迁房屋造成停产、停业的，在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业登记的实际从业人数给予一次性补偿。
其中过渡期18个月以内的，补偿6个月；过渡期18个月以上24个月以下的，补偿10个月；由于拆迁人的责任延长过渡期限的，从逾期1个月起每逾期1个月，补偿1个月。 具体的停产停业补偿标准由省、自治区、人民政府制定。
法律依据：第十七条?作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
法律分析：民法典只规定征收房屋要依法给予经济补偿，但怎样补偿没有规定，而《国有土地上房屋征收与补偿条例》，商铺拆迁的补偿项目包括房屋价值补偿、安置补偿、停产停业损失等。
法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十七条 作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
《中华人民共和国民法典》
第二百四十三条 为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益;征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。任何组织或者个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费等费用。
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