一般情况下，一户拥有两个宅基地进行拆迁时，赔偿通常会按照以下方式进行处理。
1. 对于合法的两个宅基地，会分别对其地上的建筑物等进行评估作价赔偿。包括房屋的建筑面积、结构、装修等情况，根据评估结果给予相应的货币补偿。
2. 宅基地本身也会有一定的补偿，通常以土地面积为依据，按照当地的土地补偿标准进行计算。
3. 如果两个宅基地上的建筑物等情况不同，可能会根据各自的实际价值分别进行赔偿，以体现公平性。但如果其中一个宅基地存在违法建设等情况，可能会根据相关规定进行相应的处理，如不予赔偿或减少赔偿等。总之，具体的赔偿方式和标准会根据当地的拆迁政策和相关法律法规来确定。
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文章来源参考：头条-一户两个宅基地能确权吗，一户两个宅基屋征收补偿内容审核：徐菲律师
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