处理农村一户二宅合法土地纠纷，可按以下方式：
首先，核实纠纷土地的相关权属来源资料，如宅基地审批文件、土地承包合同等，明确土地初始分配情况，判断两宅取得是否均有合法依据。
其次，查看是否存在面积超标情况。若一户二宅总面积在当地规定标准之内，且符合分户条件，可依法依规进行分户确权，分别登记发证。
再者，了解纠纷双方诉求，尝试通过协商解决。若协商不成，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府进行调解。这些基层组织熟悉当地情况，能依据实际与相关政策进行调解。
若调解无果，当事人可向县级以上人民政府土地管理部门申请处理。该部门会依据调查情况、土地管理法规作出裁决。若对裁决不服，当事人有权在规定期限内向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径最终解决纠纷。处理过程中，务必遵循土地管理法规及当地政策，以保障合法权益。
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文章来源参考：头条-农村一宅两户怎么办，农村一户二宅房屋怎么办内容审核：谢瑞青律师
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