土地纠纷案件超过五年，要根据具体情况处理。
若为土地侵权纠纷，适用一般诉讼时效规定。虽然超过五年起诉，若对方未以诉讼时效抗辩，法院仍会受理并审理案件；若对方提出诉讼时效抗辩，原告可能丧失胜诉权，但实体权利依然存在。
要是土地权属争议，不适用诉讼时效规定。当事人可请求人民政府处理，单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起一定期限内，向人民法院起诉。
此外，在处理土地纠纷时，要收集好相关证据，如土地权属证书、承包合同、相关文件等，以证明自己对土地的合法权益。若自己难以解决，可寻求专业律师的帮助，通过合法途径维护权益。
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文章来源参考：头条-土地纠纷有时效性吗，土地纠纷超过20年不受理吗内容审核：张海涛律师
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