法院判决两家土地纠纷时，会遵循法定程序并依据相关法律和事实证据。
首先，会确定土地的性质，是集体土地还是国有土地，不同性质适用不同法律规定。集体土地纠纷多适用《土地管理法》等关于农村集体土地的管理规定；国有土地纠纷则依据国有土地相关法规。
其次，审查双方的土地权属证明。包括土地承包经营权证、宅基地使用证等，这些证书是确定土地使用权归属的重要依据。若一方有合法有效的权属证书，通常会被认定拥有相应土地权益。
再者，考量土地的历史使用情况。若双方均无明确权属证明，法院会查看土地长期由谁使用、经营、管理等，长期稳定使用土地且无争议的一方，在判决中会更受倾向。
另外，对于因土地流转、互换等产生的纠纷，会审查相关合同的效力。合同符合法律规定且双方自愿签订的，会按照合同约定处理。
最后，若纠纷涉及相邻关系，法院会根据有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则进行判决，保障双方合理使用土地的权利。
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文章来源参考：头条-两家的土地只办了一个确权证怎么办，两家土地纠纷怎么解决内容审核：刘育初律师
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