若土地互换双方签订了合法有效的互换协议，并按规定进行了承包经营权变更登记，那么互换后的土地承包经营权发生转移，征地补偿费应归互换后取得土地承包经营权的一方。因为变更登记意味着在法律层面上土地的承包关系已改变，该方成为合法的土地权益人，理应获得相应补偿。
若虽有互换事实，但未进行变更登记，不过互换行为得到了发包方认可，且双方实际对换土地经营多年，从公平和保护实际经营者权益角度，征地补偿费也可归实际耕种土地的一方。因为其对土地进行了实际投入和管理，土地被征收影响的是其现实利益。
若互换存在争议，比如一方反悔，且未办理变更登记，双方对征地补偿费归属有分歧，需通过协商或诉讼解决。法院会综合考虑互换协议效力、实际经营情况、是否符合土地流转规定等因素确定补偿费归属。
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